ФЗ 25 июля 2002 г. N 115-ФЗ "О правовом положении иностранных граждан в Российской Федерации"
ст.13 Условия участия иностранных граждан в трудовых отношениях
4. Работодатель и заказчик работ (услуг) имеют право привлекать и использовать иностранных работников только при наличии разрешения на привлечение и использование иностранных работников.
Иностранный гражданин имеет право осуществлять трудовую деятельность только при наличии разрешения на работу. Указанный порядок не распространяется на иностранных граждан:
4) являющихся работниками иностранных юридических лиц (производителей или поставщиков), выполняющих монтажные (шефмонтажные) работы, сервисное и гарантийное обслуживание, а также послегарантийный ремонт поставленного в Российскую Федерацию технического оборудования;
Понятие технического оборудования я не нашел.
Выводы.
1. Статус индивидуального предпринимателя и заключение договора а консультационные услуги от проблем не избавляет совершенно;
2. Я бы рекомендовал поставить в филиал какую-либо фиговину, которую можно обозвать техническим оборудованием, и пусть ваш работник выполняет "монтажные (шефмонтажные) работы, сервисное и гарантийное обслуживание, а также послегарантийный ремонт"

По крайней мере, от замороки с получением разрешения самим работником избавиться можно.