Catbear

Ну, это как бы не совсем налоговый вопрос.
Точнее, так.
С точки зрения налогового права Lbp уже все исчерпывающе объяснила.
При выставлении счета-фактуры с накруткой НДС "сверху" вы можете обратиться в суд и заявить, что согласно конкурсной документации цена уже включает все налог, при этом ссылаясь не только на договор, но и на результаты конкурса.
А можно просто платить деньги меньше на сумму НДС и ждать, когда исполнитель пойдет в суд, а там доказывать тоже самое.
НО. Тут все зависит от оформления договора (есть ли там ссылки на конкурс) и от конкурсной документации.
В общем вопрос сложный и не видя всего объема материалов, предсказать исход невозможно.