Под мастерскую у вас используется только один этаж, то есть часть здания, помещения.
Хотя вот: согласно п. 3 СНиП 31-03-2003 "Производственные здания": Этажность здания - число этажей здания, включая все надземные этажи, технический и цокольный, если верх его перекрытия находится выше средней планировочной отметки земли не менее чем на 2 м.".
В какой территориальной зоне расположен объект?
В свидетельстве на право собственности назначение здания как указано?
Видится мне, что ваш собственник изменил назначение здания, оборудовав на 2-ом этаже мастерскую (небось и внури стеночки кой какие порушил), и под эти же цели надстроил мансардный этаж. Налицо эксплуатация без разрешения. Пожарные в гости не приходили?
Может вам лучше несмотря на то, что реконструкция уже закончена, попробовать пойти по установленному законом порядку. Правда тут тоже полно трудностей: надо будет разрабатывать проект, делать техобследвания, вставать под госстройнадзор (если объект под него подпадает)...