Срок действия договора и срок выполнения работ - это разные вещи.
В договоре подряда должны быть указаны: начальный и конечный сроки выполнения работ. То, что срок у Вас указан в счете ничего не значит, так как счет это документ, подписанный одной стороной, т.е. Вами. А сроки в договоре подряда должны быть согласованы обеими сторонами.
Таким образом, Ваш договор считается не заключенным, как Вам уже здесь писали.
В связи с этим, Ваш заказчик не сможет взыскать с Вас неустойку, предусмотренную условиями договора, т.к. юридически положения Вашего договора не имеют силы (про санкции).
Но Вы не указали, действительно ли качество работ не соответствует нормам (СНиП, ГОСТ и пр.)?
Что же касается уменьшения стоимости работ, то если Ваши работы действительно выполнены некачественно, то Вы можете предложить Заказчику уменьшить стоимость работ на действительную сумму работ, качество которых не соответствует нормативным документам.
При этом, в суде Вы можете ходатайствовать об экспертизе, которая и определит стоимость некачественных работ. Правда, с другой стороны, стоимость экспертизы может оказаться выше стоимости самих работ, а платить за нее придется именно Вам, либо с Вас ее взыщет суд.
Поэтому в Вашей ситуации лучше договариваться полюбовно.